Durante muito tempo O Mestre era tido como uma espécie de filme-denúncia que trataria do início da cientologia, seita que arrebanha famosos como Tom Cruise e John Travolta, centrando-se na figura de seu criador, L. Ron Hubbard. O filme, entretanto passa longe disto. O diretor Paul Thomas Anderson de fato retrata um grupo bem parecido com a cientologia e o personagem Lancaster Dodd (Philip Seymour-Hoffman), o mestre do título, é a cara de Hubbard, mas sua intenção aqui parece ser muito mais tratar de ideias como controle, poder e o fascínio da crença do que apenas criticar a cientologia.
O Mestre conta a história de Freddie Quell (Joaquin Phoenix) um veterano da Segunda Guerra, confuso, alcoólatra e autodestrutivo que se encontra por acaso com Lancaster Dodd, líder do grupo conhecido como “A Causa”. A partir desse encontro, Dodd vê em Quell uma cobaia (o personagem chega a se referir a ele desta forma) para testar os métodos de sua religião e acompanhamos o desenrolar da relação dos dois bem como o crescimento do culto.
É impressionante como Phoenix desaparece em sua composição de Quell, com uma postura torta, ombros curvados e andar esquisito que revelam externamente o interior “distorcido” do personagem. A confusão interna do personagem também é retratada em sua dicção, com um tom grave e lento (como se o ato fosse incrivelmente difícil), além de mal mover os lábios para falar.