A narrativa acompanha o samurai Jin Sakai. Durante a invasão dos mongóis à ilha de Tsushima no Japão praticamente todos os samurais são eliminados e Jin mal sobrevive. Como o último samurai em sua ilha, cabe a ele enfrentar a ocupação mongol, mas para derrotar um inimigo tão numeroso e tão cruel, ele precisa recorrer a táticas furtivas que vão de encontro ao código de honra dos samurais. Desta maneira, Jin precisa escolher entre seu lar e sua honra.
O jogo não perde tempo em te deixar livre para explorar a ilha e chama atenção como a interface tem pouquíssima informação. Não há minimapa (é preciso entrar no menu de personagem para ver o mapa completo), bússola ou outros ícones. A saúde do personagem só aparece durante combate. Tudo isso parece feito para que possamos absorver os ambientes ao nosso redor, as florestas de bambu, os campos de flores, as fontes termais, tudo repleto de efeitos de partículas com folhas e pétalas sempre flutuando no ar.