A trama se passa seis meses depois da trama original (Persona 5 Royal não é cânone) com os personagens se reencontrando para passarem férias juntos. Antes que saiam em uma viajem juntos, no entanto, descobrem que o Metaverso ainda está ativo e alguém o está usando para roubar os desejos das pessoas. Os personagens logo descobrem que as prisões do Metaverso estão se manifestando ao redor do Japão, então decidem usar a viagem de férias para tentar resolver o mistério do que está acontecendo.
Apesar da narrativa ser uma continuação, é possível acompanhar o que acontece mesmo sem ter jogado Persona 5. Claro, você provavelmente vai perder uma ou outra referência aos eventos do original, mas a história consegue se sustentar por conta própria. A trama mostra o quanto os personagens amadureceram desde a última vez que os vimos, muitas vezes tentando aconselhar e redimir os antagonistas que controlam as prisões que encontram. Falo antagonistas porque muitos deles não são necessariamente malignos, são, em muitos casos, pessoas tomadas por trauma, que fizeram escolhas equivocadas e tentaram resolver seus problemas da pior maneira possível. Isso ajuda a dotar os antagonistas e situações encontradas de alguma medida de ambiguidade moral, evitando maniqueísmos fáceis.