A narrativa continua no ponto em que a anterior. Depois de serem considerados fugitivos e terem o esconderijo atacado por drone, o time de Jane (Jaimie Alexander) se separa e se espalha pelo mundo. Meses depois, um atendado em Times Square queima nos prédios uma imagem semelhante a uma das tatuagens de Jane. Imaginando que isso é, de alguma forma, um recado para eles, Jane e os demais se reúnem em um bunker subterrâneo na cidade de Praga para decifrar a pista e entender como isso pode ajudá-los a derrubar a poderosa Madeline (Mary Elizabeth Mastrantonio).
O número menor de episódios (apenas 11) beneficia a série eliminando a necessidade de filler e permitindo que foque na construção da trama principal. Mais do que em qualquer outro ano, isso ajuda na construção do suspense e no senso de perigo que circula os protagonistas. Afinal, se eles ficassem o tempo todo desviando da missão principal para fazer outras coisas, isso diluiria a sensação de que eles são fugitivos internacionais constantemente caçados pelas autoridades.