Na trama, Samus está se recuperando da batalha com os parasitas X quando uma misteriosa transmissão vinda do planeta ZDR mostra o X vivendo no planeta, contrariando a ideia de que eles estariam extintos. A Federação despacha os EMMI robôs de reconhecimento com armadura reforçada para mapearem o planeta, mas perdem a conexão com eles. Sem saber o que está havendo, Samus, a única resistente ao X, é despachada para ZDR. Lá ela é confrontada por um misterioso membro dos Chozo, uma raça que se acreditava estar extinta, que a ataca e a deixa nas profundezas do planeta com seu traje danificado. Agora Samus precisa recuperar as melhorias do traje, retornar à superfície do planeta e descobrir o mistério envolvendo os Chozo e os parasitas X.