Na trama, Cassie (Kaley Cuoco) agora mora na Califórnia e está há um ano sóbria. Além de continuar trabalhando como comissária de bordo, Cassie continua a colaborar ocasionalmente com a CIA. Isso, no entanto, não significa que ela está longe de problemas. Operativos da agência começam a ser mortos por uma mulher muito parecida com Cassie, com a protagonista precisando correr contra o tempo para descobrir o que está acontecendo.
O mistério principal é o grande ponto fraco da nova temporada. Se no ano de estreia o caso era relativamente simples, com espaços para algumas reviravoltas surpreendentes, aqui é tudo tão vago, rocambolesco e desnecessariamente complicado que fica difícil se importar. Ao final da temporada a revelação do culpado acaba não causando muito impacto justamente porque os episódios não fazem a gente se importar muito com sua resolução.