A trama começa com Superboy e Megan viajando ao planeta Marte para se casarem. Durante as preparações do casamento, Superboy é ferido numa explosão e dado como morto. Ao mesmo tempo a equipe precisa lidar com crises envolvendo a vilã Lady Shiva, o aparecimento de uma nova Lorde do Caos que tenta tomar o lugar de Klarion e uma crise em Atlântida envolvendo uma antiga profecia. Os jovens heróis se dividem entre todas essas crises ao mesmo tempo em que são monitorados por um estranho trio que observa tudo à distância e parece ter um grande interesse no Superboy.
Assim como em outras temporadas, a série acerta ao explorar o peso das consequências emocionais sobre os jovens heróis. O melhor exemplo é como a temporada retrata o processo de depressão do Mutano. Depois de presenciar a morte do Superboy, Mutano vai aos poucos se afundando em remédios e relegando tudo aquilo que gostava de fazer, preferindo passar seu tempo deitado sem fazer nada. Quando confrontado pelos amigos, ele nega que tenha problemas e vai alienando todos ao seu redor, da namorada ao emprego como ator. É um processo gradativo, muito parecido com crises de depressão reais nas quais inicialmente pensamos que a pessoa está apenas cansada e só quando as coisas se agravam começamos a perceber que há um problema mais grave.