Em uma trama paralela à campanha principal, Cuphead e Mugman recebem uma mensagem da Ms. Chalice pedindo ajuda. Assim, os irmãos navegam para a Ilha Tinteiro IV para ajudar Ms. Chalice a sair do mundo espiritual. Logicamente, isso envolve derrotar mais um monte de chefões difíceis.
O primeiro grande novo elemento é a possibilidade de jogar com Ms. Chalice. Ela, no entanto, não é uma personagem selecionável direto do menu. Para jogar com ela, é preciso equipar um acessório chamado Biscoito Astral, efetivamente fazendo Ms. Chalice substituir o personagem com o qual se está jogando. A troca tem suas vantagens considerando que a garota tem acesso a uma série de habilidades que os outros dois não tem. Ela tem um ponto de vida a mais, pode dar pulos duplos, seu dash automaticamente apara projéteis e ela pode realizar um rolamento no chão que a deixa invulnerável enquanto rola (similar ao que acontece com o acessório Bomba de Fumaça). Assim, trocar uma nova personagem por um espaço de acessório não soa como injusto.