Na trama o grupo de piratas liderados por Luffy bate na misteriosa ilha de Waford. Lá eles são atacados por um colosso de fogo que drena os poderes dos heróis. Com ajuda de Adio e Lim, que parecem estar presos na ilha há algum tempo, os piratas precisam desvendar os mistérios da ilha e coletar os cubos de memória para recuperar sua força. Esses cubos fazem os personagens reviverem aventuras passadas, dando a oportunidade do jogador revisitar alguns dos arcos do mangá.
A ideia de recontar arcos como os de Alabasta ou Water 7 através dessa mecânica de reviver memórias ao invés de nos colocar na cronologia canônica deveria dar oportunidade para a trama explorar com criatividade possíveis cenários alternativos com eventos um pouco diferentes ou como a presença de personagens que não estavam originalmente presente impactaria em alguns eventos. Infelizmente a narrativa não aproveita plenamente essas possibilidades, preferindo se ater a mudanças superficiais e com poucas repercussões, como o fato de Usopp ser sequestrado ao invés de Robin em Water 7.