A trama é protagonizada por Clive Rossfield, herdeiro do pequeno reino de Rosaria e incumbido de proteger o irmão, Joshua. O mundo em que vivem conta com a presença de grandes cristais dotados de mágica que são a fonte de poder dos diferentes reinos do continente. Algumas pessoas recebem dos cristais o poder de controlarem as Eikons, seres elementais poderosíssimos (pensem nas summons dos games anteriores) e essas pessoas são chamadas de Dominantes. Joshua é o Dominante da Fênix, a Eikon do fogo, e Clive é seu principal protetor, recebendo a benção da Fênix para usar magia de fogo, se tornando um Portador, alguém que consegue usar magia sem auxílio de um cristal. Quando o reino de Rosaria é atacado, Joshua acaba usando o poder da Fênix para tentar proteger o castelo, mas uma segunda misteriosa Eikon de fogo, Ifrit, surge no combate e ataca a Fênix. Rosaria é tomada e Clive é forçado a servir no reino rival, jurando vingança contra aqueles que lhe tiraram tudo.