A série continua de onde a animação original parou, com Xavier sendo levado pelos Shi’ar depois de sofrer uma tentativa de assassinato. Sem seu líder, os X-Men tentam prender Bolivar Trask e os remanescentes do programa dos sentinelas, mas o testamento de Xavier coloca Magneto no comando da equipe e da escola, iniciando novas tensões dentro do grupo.
Poucos produtos da Marvel entenderam tão bem a essência de seus personagens e suas diferentes facetas como essa série faz. A série explora os X-Men como super-heróis, como metáfora social para o preconceito, como personagens de ficção científica e também como protagonistas de um grande melodrama familiar repleto de triângulos amorosos e traições. Tudo isso embalado em um pacote coeso, que nunca soa tonalmente inconsistente a despeito das várias direções nas quais joga seus personagens.