A narrativa segue do ponto onde o último ano terminou. Silver foi derrotado, não há mais inimigos para Daniel (Ralph Macchio) e Johnny (William Zabka) se preocuparem e agora eles podem focar em preparar seus alunos para o torneio internacional Seikai Taikai. As coisas se complicam quando a organização do torneio muda as regras e diz que cada dojo só pode levar seis competidores, cabendo a Johnny e Daniel encontrar uma maneira de selecionar seus alunos. Ao mesmo tempo, Kreese vai até o Japão, propondo que a sensei Kim (Alicia Hannah Kim) e seu dojo tomem o lugar da Cobra Kai de Silver no torneio já que lutaram por ele, iniciando um conflito final entre Kreese, Daniel e Johnny.