Depois de salvar Metrópolis do Parasita o Superman conta com aprovação de boa parte do público, embora Amanda Waller ainda o trate como ameaça, principalmente depois da visão de uma frota kryptoniana se aproximando. Clark tenta descobrir mais sobre seu passado enquanto Lois se esforça para se reaproximar do pai e Waller cruza ainda mais limites éticos para conseguir meios de enfrentar o Superman, buscando inclusive ajuda do gênio tecnológico Lex Luthor.
A temporada explora o senso de solidão de Clark por ser o único de sua espécie e a dificuldade dele em lidar com o legado kryptoniano que parece ser o de um império expansionista. Esse senso de isolamento desperta inseguranças em Lois de que ela talvez seja banal demais ou não seja o suficiente para alguém tão extraordinário quanto Clark. Jimmy, por outro lado, só vai ter algum arco próprio quando Kara chega na cidade e ele se torna a principal conexão dela com a humanidade, mostrando o lado positivo do nosso planeta para a prima do Superman, que parece ter vindo para nos dominar.